数理情報工学 ／ 2014 Metagenomics アセンブラ“MEGAHIT”の改良

氏名 山下 洋史
指導教員 定兼邦彦 教授
研究室 数理情報第7研究室

研究概要

DNA を断片化して読み取る全ゲノム・ショットガン・シークエンシングでは，そのゲノム断片を組み合わせることでできるだけ長いDNAの塩基配列の断片を再現す る de novo アセンブリと呼ばれる操作が行われる．de novo アセンブリを精度よく，かつ効率的に行うソフトウェアMEGAHITをさらに改良する手法を提案し，時間効率・メモリ使用量を改善し た．
Metagenomics アセンブラ“MEGAHIT”の改良
MEGAHIT で用いられる de Bruijn グラフ．入力の塩基配列に含まれる長さ k の文字列を節点として，長さ k+1 の文字列を辺として表現している．

卒論の感想

規模の大きいデータとプログラムに対して格闘するのは大変であった．また，人工データと実データでは性質が異 なり，実験の結果が変わってくる，という点においても難しく，また面白かった．